como devo proceder com o ninho para nova choca

Se for o de plástico é só retirar e realizar a limpeza, claro que descartando para o lixo o que foi usado para confecção do mesmo. 

Se for aqueles de aço, que se usa forro descartáveis é o mesmo procedimento.

Caso seja de corda, crochê ou qualquer material parecido, jogar fora é o melhor caminho, trocando pelo um novo e folha. 

Com esses cuidados a chance de ter problemas na criação com piolhos, parasitas ou ácaros ficam quase zero porcento, pelo menos em relação a isto especificamente.

Tem fêmeas que são fantásticas mesmo, outras nem "formam" o ninho, mas criam muito bem seus filhotes. 

Dê preferência aos ninhos de plásticos, ou então os de aço com forro descartável, assim terá um ninho para várias ninhadas fazendo pouco. Por mais que ela confeccionou esse ninho, deve ter penetrado ali as fezes, ou não? Bom, fica a seu critério e cada caso é um caso. 

Parabéns pela fêmea e que dê muita alegria para você ainda.